Seksi Operasi dan Pemeliharaan mempunyai tugas menyiapkan bahan dan data dalam rangka penyelenggaraan kegiatan operasi dan pemeliharaan.
Kegiatan operasi dan pemeliharaan, meliputi beberapa kegiatan yaitu :
Berdasarkan Peraturan Menteri pekerjaan umum dan perumahan rakyat nomor 12/PRT/M/2015, maka kegiatan operasi dan pemeliharaan jaringan irigasi adalah :
Kegiatan pemeliharaan bangunan pengaman pantai yang di lakukan oleh UPT PSDA Wilayah II adalah dengan memelihara bangunan pengaman pantai yang telah mengalami penurunan fungsi. Pemeliharaan ini bertujuan agar bangunan tersebut dapat berfungsi Kembali yaitu melindungi asset daerah maupun permukiman masyarakat
Kegiatan normaslisasi sungai yang di lakukan oleh UPT PSDA Wilayah II bertujuan guna mengarahkan aliran sungai yang mengalami perpindahan alur dan mengancam asset daerah dan permukiman masyarakat.